典型案例：S房地产开发有限公司（以下简称“S公司”）、某开发区税务局税务行政管理（税务）案

案情：S公司取得销售房屋款后，于2013年3月13日、2013年6月24日分两次按照销售收入8256万元申报并缴纳营业税、土地增值税等税款总计710.02万元。2016年5月14日，S公司解除之前签订的销售协议，并按约定退还所收到的购房款项，同年8月19日退款结束。2016年11月10日，S公司向所属税务局提出“退回已缴纳710.02万元税款”的申请。2016年12月26日，税务局依申请将该笔税款退回S公司账户。3日后，该税务局向市税务局请示，2017年7月10日市税务局以S公司申请退税超过3年为由，决定不予退税。2017年8月2日，税务局向S公司作出税务事项通知书，要求其当月申报710.02万元税款。S公司不服，申请行政复议，未得到复议机关支持后提起诉讼。案件历经一审、二审和再审。再审法院认为，税收征管法第五十一条适用于税款缴纳之初就存在错误的情形，而本案当事人因后期解除协议发生销售退款，导致多缴税款的情形不适用该规定；申请退税的起算点应为最后一笔销售退款发生的时间；取消交易发生销售退款，S公司原有的纳税义务已不复存在，税务局继续要求纳税人缴纳税款于法无据。

解读：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，既有缴纳之初就存在错误的税款，也有因后期解除协议发生销售退款等原因导致多缴的税款，因此一概以“自结算缴纳税款之日起三年内”作为纳税人的退税申请期限有不合理之处。本案中，法院认为民事交易取消后，纳税人申请税务机关退回已缴纳的税款与税收征管法第五十一条的适用情形不同。在当前各方对税收征管法第五十一条如何理解与适用尚存分歧的情况下，再审裁定作出的探索值得关注。